﻿r2.ic                                       	pacote: pacotes_lem									 R Documentation

	

Descrição
	
	Esta função serve para comparar os valores de indíces de integração morfológica total (r2) entre dois grupos. 
	Para isso ela calcula a partir de dados morfométricos matrizes de correlação para cada grupo, e a partir destas matrizes os valores de r2 empíricos.
	Além disso, a função calcula através de uma reamostragem das observações por booststrap os intervalos de confiança de 95% para estes valores de r2.

	

Uso

	r2.ic(grupo1, grupo2,reamostragem)

Argumentos

	grupo 1 	um data frame ou matriz contendo os valores das variáveis do primeiro grupo que serão usadas para calcular a matriz de correlação e r2

	grupo 2		um data frame ou matriz contendo os valores das variáveis do segundo grupo que serão usadas para calcular a matriz de correlação e r2

	reamostragem 	o número de reamostragens a serem feitos no bootstrap, o padrão é 1000

Detalhes
	
	A função utiliza os dados brutos de medidas morfométricas e os transforma em matrizes de correlação, posteriormente calcula o valor de r2, que é igual a soma dos quadrados da matriz triangular excluindo-se a diagonal dividida pelo número de valores que foram usados na soma.
	Este valor corresponde a um índice que indica o quão integrada é esta matriz, isto é se as correlações são elevadas para a maior parte dos caracteres os valores de r2 serão elevados, indicando que a os caractres morfológicos são bastante integrados.
 

Valores
	Retorna uma lista com os valores observados de r2 (r2.obs), os valores de r2 calculados em cada uma da reamostragem (dist1 e dist2) e os quantis de 2.5% e 95% das distribuições destas reamostragens (IC)

	A função também retorna um gráfico com as curvas de densidade, os valores observados e o intervalo de confiança.

Nota

	Esta função funcionará apenas com planilhas de dados nas quais as observações correspondem às linhas do data frame pois serão as linhas que serão amostradas no bootstrap.
	Esta função embora tenha sido desenvolvida para uso em dados morfométricos, pode ser usada em qualquer tipo de dados, desde que cada linha corresponda a uma observação e as colunas aos valores dos quais as matrizes de correlação serão calculadas

Autor(es)

	Ana Paula APrígio Assis

Exemplo
	## baixe o arquivo chamado "exemplo_r.txt", este arquivo contém dados de 4 medidas morfométricas (colunas de 1 a 4) para quatro espécies distintas (espécies A,B,C,D- coluna 5)
	
	exemplo.r<- read.table("exemplo_r.txt", header= TRUE, sep=",", dec=".", as.is=TRUE)
	r2.exemplo<- r2.ic(exemplo.r[exemplo.r$ESPECIE== "A",1:4], exemplo.r[exemplo.r$ESPECIE=="B",1:4]) # exemplo comparando os indices de integração total das espécies A e B
	r2.exemplo<- r2.ic(exemplo.r[exemplo.r$ESPECIE== "B",1:4], exemplo.r[exemplo.r$ESPECIE=="C",1:4]) # exemplo comparando os indices de integração total das espécies B e C


							Lem_pacotes (2012)